在教育独立、学术自由的空间日益被压缩的政治氛围中，蔡元培依然尽最大的可能实现自己的教育理念。
蔡元培奉行的教育方针是科学化、劳动化、艺术化。
他常说：“脑力与劳动同时并进之好处，非独养成身体发达之平均，而最大关键，乃在打破劳动阶级与知识阶级之界限。”又说：“人生由小而长，而老，而死，苟无艺术之调和，则一世生活，真无兴趣之可言。……故艺术兴味，确为教育上第一要义。”
推行美育，可以说是蔡元培一生的追求。
蔡元培历来认为，美是有力量的，没有美育的教育也是不完整的教育。他曾大声疾呼：“美育是最重要、最基础的人生观教育。”
“当每一个公民都拥有发掘美好的眼睛与心灵，拥有完善的性格、更富情趣的人生和更高的精神境界，不仅是个人之福，也是国家之幸。”
在蔡元培看来，一个完整强健人格的养成，并不仅仅源于知识的灌输，也在于感情的陶养。这种陶养就是美育。塑造全面完整的人，是美育的宗旨。
在北大校长任上，他曾不遗余力的把推行美育，做为北大教改的重要方面。担任大学院长，无疑为他推行美的理念提供了更大的空间。
1927年蔡元培组织大学院时，即特设立“全国艺术教育委员会”。这年10月，上海成立了音乐院，蔡元培亲自兼任院长，中国现代音乐史的一代宗师、现代专业音乐教育的开拓者与奠基者萧友梅担任教务主任。
这便是中国历史最悠久的高等音乐学府——著名的上海音乐学院的前身。
1928年7月，音乐院改名为音乐专科学校，校中设立预科、本科，并附设师范科。萧友梅担任校长，但蔡元培一如既往的关心音乐学校的建设。
廖辅元回忆：“萧先生每逢‘音专’有什么重大措施，都先向蔡先生汇报。蔡先生对萧先生的汇报总是耐心倾听，同意的频频点头，不明白的就及时发问，听懂了就相视而笑，表示赞赏。”他又说：“他(蔡元培)的态度是那么平易近人，虚怀若谷，从来没有看见他有一点架子。”
蔡元培还亲自在校园种了一棵大松树，并在树前摄影留念。后来“音专”人一直奉蔡元培为学校的创办人。
另一所蔡元培一手推动创办的重要艺术院校是“国立杭州艺术专科学校”，这便是今天著名的中国美术学院的前身。
1927年11月27日在国民政府大学院艺术委员会的第一次会
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