蔡元培对于孙中山的“联俄、联共、扶助农工”的政策有其自己的理解。他认为孙中山之所以联共，是因为当时中国的各政治力量中，唯有共产党与三民主义的理念更为切近，又因在国际上苏俄领导人率先取消与中国所签订的各种不平等条约，故而孙中山选择了与共产党人联合。
他甚至认为，孙中山的联俄联共与军阀段祺瑞、张作霖的联合几可同日而语，“先生与他党联合的程度，大率如是，其与共.产.党及苏俄，亦非一切苟同，可推而知矣”。
再者，蔡元培是不主张共.产.主义的。2月4日，蔡元培在与新闻界的谈话中，即明确表示反对马克思的阶段斗争理论，而是主张走社会改良之路。
他说：“共.产.主义，为余所素服膺者。盖生活平等、教育平等，实为最愉快、最太平之世界……然于如何达到此目的之手段，殊有研究、讨论之余地。以愚观之，克鲁泡特金所持之互助论，一方增进劳工之智识与地位，一方促起资本家之反省，双方互助，逐渐疏浚，以使资本家渐有觉悟，以入作工之途，则社会不致发生急剧之变化，受暴烈之损失，实为最好之方法以。若夫马克思所持之阶级争斗论，求效过速，为害无穷。”
其次，做为国民党人或者说国民党元老的蔡元培，或许必然要站在国民党的立场上来考虑问题。
在许多国民党人看来，国民革命军北伐前的这一期间，中国共产党人的组织全面渗透到了当时国民党的党、政、军组织之中。例如蒋介石嫡系的第一军，几乎被共产党人的骨干力量控制。