他聘请辜鸿铭为北大英文系教授。
有人表示异议，蔡元培说：“我请辜鸿铭，因为他是一位学者、智者和贤者，绝不是一个物议飞腾的怪物，更不是政治上极端保守的顽固派。”
辜鸿铭看人的眼光极高，很少有人能入他的法眼，他打心眼里敬佩之人，除了蔡元培很难找出第二人。
他在课堂上对学生们讲过：“中国只有两个好人，一个是蔡元培先生，一个是我。因为蔡先生点了翰林之后不肯做官就去革命，到现在还是革命；我呢？自从跟张文襄做了前清的官员以后，到现在还是保皇。”
到了1919年6 月初，受“五四运动的影响，蔡元培校长的去留引起了当局和校方的争议。北大教授们在红楼开会，主题是挽留蔡元培校长，大家都表示赞成，只是具体怎么交涉，还需要讨论。
大家都表示了自己的看法，辜鸿铭也积极主张挽留校长，但他的理由和别人不一样。他说：“校长是我们学校的皇帝，非得挽留不可。”
他这一说就显得滑稽了，甚至有些荒唐，不过，足见蔡元培在他心中的位置。
1923年1月，蔡元培因教育总长彭允彝无理撤换法专、农专校长，愤而辞去北京大学校长一职，重赴欧洲。辜鸿铭与蔡元培同进退，随即也辞去北大教职。