潮的冲击，出现了一批热心研究西学的有识之士。就在蔡元培回绍兴的前一年春，徐树兰和绍兴知府熊起磻，创办了绍兴唯一一所新式学校——绍郡中西学堂。
由于蔡元培的身份和学问上的声望，这年12月，徐树兰和熊起磻礼请蔡元培为学堂的总.理，也就是担任校长，主持校务。这正是蔡元培想干的事。
既然已经认识到，康梁变法，没有预先培养大批革新人才，而试图以少数人夺取政权、排斥顽旧，是注定是要失败的。现在，他入主中西学堂，不是正好给了他用新知培育英才、施展教育救国的实践机会。
这是一条全新的路，也是完全不同的人生，没有眷恋，没有犹豫和彷徨。
蔡元培马上就进入角色，着手接管校政。
绍郡中西学堂，是由徐树兰捐资并筹得部分府衙官款办起来的。地点在龙山脚下古贡院的西侧。开办之初有学生三十余人，所学相当于后来的高小和初中的程度。
当时，蔡元培给人留下这样的印象——身材短小、文质彬彬、儒雅风流，时常与朋友喝酒、畅谈。和许多一谈到维新变法就“谈虎色变”的人们不同，很多时候，他更愿意和大家一起分析戊戌变法失败的原因。
那时的学生蒋梦麟，曾这样回忆他所见到的蔡元培：“蔡先生年轻时锋芒很露。他在绍兴中西学堂当校长时，有一天晚上参加一个宴会，酒过三巡之后，他推杯而起，高声批评康有为、梁启超维新运动的不彻底，因为他们主张保存满清皇室来领导维新。说到激烈时，他高举右臂大喊道：‘我蔡元培可不这样。除非你推翻满清，否则任何改革都不可能！’”
此后，无论年纪大小，人们都喜欢称呼蔡元培为先生。先生，这本是个对人的很普通的尊称，但对蔡元培来说，是不一样的，是尊重，是敬仰，是对他一生事业和做人的肯定。