决意“迷途回车，奚翅炳烛”，“ 他简直像获得了精神上的新生”。
1896年12月，蔡元培自陆路乘马车回京销假。
1897年的北京，喧嚣着改良的思潮，《时务报》、《新闻报》等连篇累牍 的倡扬变法，粤学会、蜀学会、闽学会等在京的各省人士，纷纷发起成立维新团体。很快，公车上书的领军、维新运动的领袖康有为再次来京，多次上书要求变法；标志着这场维新运动，正在从思想酝酿转变为付诸行动。
毫无疑问，蔡元培在思想上是属于维新派。只是，他已经过了特别容易头脑发热的青葱年岁。一个饱学经史又接触涉猎了大量近代科学知识的人，对任何事情都是不会盲从的，都要经过一个独立思考的过程，想一想是否真有道理，是否行得通。
但是，如果仔细观察，还是能发现蔡元培有了特别大的变化。他的北京寓所书房中悬挂着十个大字：“都无做官意，惟有读书声。”
一个刚刚入仕的翰林，已经把功名和利禄放到一边了，此时的蔡元培所热衷的事，是要在知识领域寻找新的天地，为民族的出路找到根本的解决之道。
这段时间，他在仔细研习了《适可斋纪言》四卷，在心得中写道：“其人于西学极深，论铁道，论海军，论外交，皆提纲挈领。批卻导窾，异乎沾沾然芥拾陈言，毛举细故以自鸣者。”
他还通览了驻英公使馆参赞宋育仁撰写的《采风记》五卷，认为“其宗旨，以西政善者都暗含中国古制，遂欲以古制补其未备，以附于一变主道之谊，真通人之论”
与一些慷慨陈词高喊变革的人们不同，蔡元培是在探索改什么，如何去改。表达了他在为改良运动思想探源。
他欣赏对于西学进行融会贯通后做出深刻阐释，鄙薄浅尝辙止的浮泛议论。同样，和有些了解了一点西学就把自己祖国的传统文化说得一无是处的人不同，蔡元培从接触西学之初，就努力在把中西文化相比附相攀援，而不是一定处于相互对立之中。这样的思想风格，对他的一生产生了重大影响。
这一年的初夏，蔡夫人王昭携幼子来京，蔡元培于是搬出会馆，在“方略馆”暂居一段时间后，带着家眷搬入绳匠胡同的一个寓所。
与家人在一起生活总是幸福和快乐，也使得他在京的生活更为安定。每天能抽出时间，和自己的宝贝儿子玩耍，体会到为人之父的天伦，让他的人生更加丰富多彩。
有闲暇时间，他也会带着妻小，到京城一些名胜古迹游玩
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