主讲，他用余暇重新修订了《校雠通义》一书。经过这次精心更定，章学诚的目录学思想在此书中得到了更加充分的表达。
由于毕沅赴任湖广总督，章学诚随即失去文正书院讲席，携家离开河南。从乾隆五十三年（1788年）下半年到次年上半年，他辗转于安徽亳州（今亳县）、太平（今太平县）、安庆之间，虽一时困厄，但学术上进展很大。乾隆五十四年（1789年）四月十一日至五月初八，近一个月之内著文二十余篇，从哲理上探索学术史、治学宗旨、治学途径和学风问题，将自己的主张予以理论性的论证和阐发，其中《原道》《原学》《经解》《博约》《史释》等篇，皆为《文史通义》中的精粹。
乾隆五十四年（1789年）秋，章学诚应知州裴振的邀请编修《亳州志》，次年二月撰成。他自己对《亳州志》十分满意，认为“近日撰《亳州志》，颇有新得……义例之精，则又《文史通义》中之最上乘也” 。从此，他确立了方志立“三书”的体例，即“志、掌故、文征各成一书，相互辅佐，志的部分体现作者的别出心裁，掌故收编一方典章，文征汇集一方文献”，从而解决了方志学术性与资料性的矛盾。这样，章学诚的方志学理论已趋于成熟。
《亳州志》修成的当年，章学诚离亳州赴武昌，依附毕沅继续编辑《史籍考》，并参与了毕沅《续资治通鉴》的编纂。从乾隆五十五年（1790年）至乾隆五十七年（1792年），《答客问》《史德》《方志立三书议》《书教》等接踵而成，标志着章学诚已形成自己的史学理论体系。
章学诚还乡时已经五十七岁，离乡四十余年，历尽艰辛。家中没有什么资产，只是“藏书甚富”而已。
但他并未从此居家过安定生活，不久又出游扬州、安庆、桐城等地，其中一个重要的目的就是想寻取支持以便完成《史籍考》。
这部巨著在湖北武昌借助毕沅之力，已完成十之八九，因毕沅遭贬谪而中断。嘉庆三年（1798年），他在杭州靠谢启昆支持重新修订，编成三百二十五卷，但此书终于未能流传，仅有草创时的《论修史籍考要略》和成书时的《史考释例》二文以及《史籍考总目》留存至今。
嘉庆五年（1800年），章学诚因眼病失明，仍坚持著述，直至病逝。