他这个强军梦还没醒，六月四日，他回鄂的第二天，宜昌便发生了大规模的兵变。变兵大烧大杀大抢，还祸及了外国人的商店，惹起了外交纠纷。
六月八日，英、美、法三国公使向北京政.府提出了最严厉的质问，随后又提出赔偿侨民损失和劝告中国裁兵的觉书。
意大利公使竟提出组织各国联军开往各通商口岸保护外侨的建议。宜昌各国侨民公然提出在宜昌开辟租界，宜昌周围三十里不得驻兵的条件。
尤其让王占元不安的是，川军旅长胡济舟竟建议派兵进驻宜昌，划宜昌为四川的辖市，以避免国际共管。
六月七日，武昌又发生兵变，和宜昌一样大烧、大抢、大掠、大杀，武昌官钱局和造币厂在被抢以后又被放火焚烧。
武昌为督军驻节的所在地，而变兵又是王占元的直辖军队，使得王占元更加无地自容。
第二天他下了一道命令，变兵第二师第七团全团官兵一千八百三十二人准其退伍，欠饷一次发清，每人另给解散费二十元，劫来赃物准其携带，由火车免费遣送其回乡。
八日晚间，变兵们兴高彩烈地上了火车。车子开到孝感站，突然枪声四起，预先埋伏在车站周围的湖北第四混成旅兵士一拥而出，开枪射击。除了在黑暗中逃脱了数十人，其余的都被歼灭。
王占元用这样恶劣的手段处理变兵事件，收回发给变兵的欠饷和解散费。虽然追回了赃物，但这个手段太过卑鄙下作，为有良知的人所不齿，使湖北的人心和军心更加不稳。就连一贯迎合王的武昌宜昌两地商会，也都通电痛斥王的惨忍毒辣。
王乘马巡视武昌灾区时，看见督署发出的布告上自己的名字被人挖掉，知道自己在湖北已经是多么不得人心。