于一九一四年六月十五日至七月五日，在济南主持举办山东省第一次物品展览会。会上评选出二百三十七种、六百八十二件优质产品。十月，送巴拿马万国博览会参展，不少产品获得金奖。
一九一五年，周自齐任财政部总长，潘馥为参事。其间，他又与同乡靳云鹏筹资开办济南鲁丰纱厂。一九一六年，潘馥调任全国水利局副总裁，同时又与济宁刘韵樵、靳云鹏等八家合股投资三十万元（银币）建济宁济丰面粉厂，日产近五十吨，畅销京津。一九一八年三月，他又与马丹铭、靳云鹏等十四家合资二千多万元，创办济宁电灯公司。
一九一九年九月二十四日，靳云鹏受总统徐世昌之命组织内阁，举荐潘馥为财政部次长。
直皖大战的时候，南方也不消停，北军闹饷，南军也同样。
云南省是护国讨袁的发源地，护国军的主力几乎全是滇军。当时护国军分为三路：一军由蔡锷率领出四川；一军由李烈钧率领经贵州向湖南和两广发展；一军由唐继尧领导，在云南坐镇。
打仗是要花钱的，云南本就是个需要中央财政补贴军饷的省份。护国期间大敌当前，军事第一，尽管全省万众一心，出兵出饷，但终究是入不敷出。讨袁战争结束后，军饷问题并没有解决，也养活不了这这么多的军队，于是省外的滇军变成了孤军。蔡锷留在四川的军队起先由罗佩金统率，后来便由顾品珍统率。四川的将领都反对滇军在四川驻防，因此护国之后五年间，川军一直对留川的滇军采取敌对态度和不断的攻击。滇军在川日久，也有回乡之心，于是，民国十年顾品珍坚持率军由四川回云南。