一九一七年五月，段祺瑞被黎元洪免职，陈树藩作为段祺瑞皖系的干将，当即通电宣布陕西独立，脱离中央。
六月，陈树藩将李根源赶出陕西。七月，段祺瑞平定了张勋复辟，"再造共和"，重新组阁，陈树藩兼任陕西省省长，集陕西军政大权于一身。
陈树藩当上陕督之后，便积极扶植个人势力，把同学、老乡刘世珑、曾继贤、张宝麟、张飞生、张丹屏等提升为团长、旅长，而反袁护国立了大功的民党人士胡景翼仅委以团长，高峻为副团长，曹世英部连正规军也没编上。
刀客出身的郭坚，因所部缺乏政治头脑，易为利用，所以编为游击营，后又改为警备军，负责监视李根源。但警备军统领郭坚受李根源感召，诚心拥戴李根源领导，使陈树藩恼羞成怒，借讨伐张勋为名，命郭坚率部出征。郭坚刚过黄河，陈树藩即电请山西督军阎锡山出兵堵剿，又命胡景翼、王飞虎截断郭坚归路。
王飞虎部下杨虎城深明大义，网开一面，使郭坚逃回陕西咸阳。陈树藩将警卫军副统领耿直提升为统领，令其率部围歼郭坚。耿直与郭坚是患难之交，暗中夜入咸阳，面见郭坚，经过计议，决定郭坚败走凤翔，耿直回城后，再派人与渭北的高峻等联系，协同行动，举义反陈。
一九一七年十二月，陕西国民党人士响应孙中山护法的号召，高峻首先在渭北白水宣布独立，通电讨陈。
陈树藩大为震惊，急令胡景翼、王飞虎等率部前往围攻。
警备军统领耿直趁西安城空虚，准备举事。后耿直听取骑兵连长刘锡麟的建议，派出排长连安儿行刺陈树藩，但行动稍有疏忽，被陈树藩逃脱。
接着，耿直率六百人与陈军三千之众激战一昼夜，然后退出西安，与郭坚所部会师鄠县一带。随即召开军事会议，成立陕西靖国军总司令部，率军围攻西安，拉开了陕西驱陈运动的序幕。
为解燃眉之急，陈树藩以陕西省省长为饵，引河南镇嵩军统领刘镇华入陕，西安之围方解除。但是，陕西靖国军不仅没有被消灭，反而越来越壮大，胡景翼也在三原起兵反陈。
为了增强实力，扩充军队，打击靖国军，保住督军的地位，陈树藩在陕西还干了件大坏事，就是在陕西大种鸦片以征款。一九一八年春开始，陈树藩通过各县县长明令农民公开种烟，强令各县按耕地面积的百分之五十交纳烟款。
开放烟禁后，陈树藩从中捞到了巨额款项，但给陕西人民带来的痛苦和损失则无法估算。陕西的粮田逐年减少
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