七月十四日，黎元洪下令惩治帝制祸首：“自变更国体之议起，全国扰攘，几陷沦亡。始祸诸人，实尸其咎。杨度、孙毓筠、顾鳌、梁士诒、夏寿田、朱启钤、周自齐、薛大可均拿交法庭，详确讯鞠，……余悉从宽免。”
护国军方面提出的惩治帝制祸首是十三人，即所谓的“六君子”和“七凶”，合称十三太保。经各方讨价还价，黎元洪中间调和，最后定为以上八人。
此前的六月十日，黎元洪已下令撤销了袁世凯搞的那个陆海军大元帅统帅办事处。加上恢复旧《约法》和国会及惩治帝制祸首，这也被称做黎元洪上任大总统三把火，大得人心。
恢复旧了《约法》和国会，惩治了帝制祸首，护国的目标已基本达成。不久，唐继尧、岑春煊、梁启超、刘显世、陆荣廷、陈炳焜、吕公望、蔡锷、李烈钧、戴戡、刘存厚、罗佩金、李鼎新等联合通电撤销西南军务院，声明国家一切政务，静听元首、政.府和国会主持。
国内矛盾缓和，南北也初步达成了统一，人们对国家的前途满怀期待。
黎元洪和段祺瑞，一个是总统，一个是国务总.理，这两个人的组合真的很不错。前面说过，当时的中国，最有实力的军事集团是北洋军，虽然，袁世凯死后，北洋系有些群龙无首，但段祺瑞基本上还是能够掌控的。而黎元洪在当时，即使没有能力把各方完全的凝聚起来，但还是能在很大的程度上协调各方面关系的。
这两个人，个人品质都不错，也都有治国理政的能力。
历史给了这饱经苦难的国家以机会，假如黎元洪和段祺瑞能够精诚合作，假如总统和国务总理能够形成合力，只可惜这两个人根本搞不到一起。
有人说，在袁世凯时期，内阁的责任制一直是可望而不可及的。像袁世凯那样的死死地把什么权力都抓在手中的总统，内阁的责任制当然无法实现。到了黎元洪当总统，段祺瑞为国务总理时，内阁的责任制是真的实现了，只是过了头。
段祺瑞这个总理和总统黎元洪的关系不睦，既有近因也有远因。
前面说过了，黎元洪当了副总统后，袁世凯一直想把黎元洪从湖北老窝挖出来，几次不能得逞后，直接派人去逼请。黎元洪一上火车，就直接由逼走黎元洪的人，把湖北都督的位置占上，我们知道，这个人就是段祺瑞。
段祺瑞署理湖北的时间虽只有几个月，但他干了件事，把湖北的军队裁撤了，用北洋军取而代之。这其实是把黎元洪的老窝给端了，黎元洪对此
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