从日本回来不久，张之洞另交给他一项任务，到湖北枪炮厂负责监制快炮。他努力把在日本所学，用在监制快炮的实践中。他在监制中，非但没像某些人那样，利用这特有资源的监督权耍威风，出难题，而是在严格把关的同时，尽自己所能，帮助解决生产中技术问题，深得厂方好评。
一八九九年十二月，张之洞第二次派黎元洪去外国考察，重点是考察马队和步队的教育、训练和军纪等方面的情况，计划用一年时间。但第二年春夏之交，北方爆发了义和团运动。当慈禧受清廷内的极.端.分.子影响，对十多个列强宣战时，张之洞跟随李鸿章等人参与东南互保。因为内外压力，张之洞觉得可信任的人手不够，就急电黎元洪回国。
一九零零年六月，黎元洪奉招回到武汉，他如实地向张之洞汇报了在日本考察学习的情况。
因为黎元洪二次赴日，考察的主要专业都是骑兵，成了骑兵方面的专攻，黎元洪这次被派到护军马队第一营任管带。
参加东南互保，是秘密进行的，张之洞是个十分谨慎的人。做一些机密之事，他是不敢交给别人的。黎元洪则是他可以绝对信任的人，不管事情有多大的风险，他都敢放心交给黎元洪去办。而黎元洪每一次，都没有辜负张之洞对他的信任。
黎元洪第三次赴日本考察是在一九零一年秋，清廷经历了庚子事变的打击，开始实行新政。数量不小的军队，经不住人数有限的八国联军的打击，清廷上下，在实行新政时，尤其热衷于“筹款练兵”。一贯致力于练新军的张之洞受到了推崇，黎元洪跟着张之洞也就有了更大的舞台。
正当黎元洪全力协同张之洞练新军时，同年九月，张之洞得到了日本在仙台举行陆军操练的消息。他认为机会难得，就派出自己的得力干将黎元洪前往。陪同黎元洪前去观练的，还有张之洞最为疼爱，被寄以厚望长孙张厚琨。这是一次有一定规格的活动，黎元洪在活动中，被邀为陪览官。活动结束后，被主办方授予“双光耀日”纪念章一枚。
在观摩中，黎元洪眼见日本军队超凡的素质，和高水平的发挥，大开了眼界，也大受启发。这一次他有了一个新的感悟，要想使自己的国家强大起来，最终是要靠实力说话；平日里的抱怨和说激昂话是没有什么实际意义的。
其后，黎元洪在日本作了一番走马观花的参观和访问，使他更加长了见识。他看到了日本的国力和国情，认识到了日本不光是军事上强大，社会方方面面都走在了自己国家的前面，他把这里发
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