徐世昌苦苦支撑了一段时间后，终于坚持不下去了。
民国五年四月二十二日，徐请辞国务卿。“他仅仅作了一个月的冯妇，就辞职前往河南辉县水竹村做“挂冠诗人”去了”。
袁世凯当然极力挽留，“世昌兄，在这样的时候，难道您也要离我而去吗？”说着，袁世凯的眼睛湿润了，声音也有些哽咽。
“世凯弟，您以为我是离您而去吗？虽然我不愿意看到那一天，但真是到了那一天，你我兄弟总要有人出来收拾残局。我现在不置身事外，那时有资格吗？
两个人已多时不以兄弟相称了，袁世凯马上明白了徐的心意，就没再坚持。
二十三日，袁世凯任命段祺瑞为国务卿兼陆军总长，陆征祥为外交总长，王揖唐为内务总长，孙宝琦为财政总长，刘冠雄为海军总长，曹汝霖为交通总长，张国淦为教育总长，金邦平为农商总长，章宗祥为司法总长，王士珍为参谋总长，庄蕴宽为审计院长。
没几日，陆征祥就不奉陪袁世凯了，由交通总长曹汝霖兼任外交总长。又几日，孙宝琦也不干了，由周自齐继任财政总长。
段祺瑞奉命于危难之际，其处境和辛亥革命后袁出而组阁时几乎一样。他认为要回到共和的体制上，就必须要变政事堂为责任内阁。
袁世凯这时候当皇帝的心还没死，在表面上完全接受了段的意见，发表申令说： “依照《约法》第二十一条，制定政.府组织法，树责任内阁之先声。”
可是，开出这张空头支票后，就没了下文。但段这时候态度很坚决，他宣称如果没有实权他就不干，袁世凯这才被迫于五月 八日下令，废除政事堂，恢复国务院。
段祺瑞是个对维护共和很执着的人，恢复国务院，便求撤销大元帅统帅办事处。
袁世凯当然不愿意，但他不能明说，在呈文上批了一句：“君能每日到部办公乎？”
段又要求让陆军部接收模范团和拱卫军，袁世凯干脆就来个装聋作哑。想到自己出任清廷的内.阁.总.理后，很快就派自己那时的亲信冯国璋统领御林军，袁觉得这时候的段祺瑞所走的路完全和他自己当年对付清廷一样。