师师长刘祖武代理云南巡按使，令他们就近押解蔡、唐等人来京治罪。
民国五年一月五日袁世凯又有申令各省长官晓谕人民云：
“……予昔养疴洹上，无心问世，不幸全国崩解，环球震动，遂毅然以救国救民为己任，支持四载，困苦备尝，真不知尊位之有何乐。无如国民仰望甚切，责备甚严，同为国民，敢自暇逸？责任所在，尽力以为，不惜一身，只知爱国，皇天后土，实鉴此心。
“明知暴乱之众，狂妄之徒，断不可以谋国；然果使中有杰出之才，可以治国保民，为人民所信仰，极愿听其为之，予得释此艰巨之仔肩，讵非幸事；然能安大局，环顾何人，为智愚所共见。人民无罪，未可举全国之重，任人试验，实逼处此，无从诿卸。
“国民深悉暴民狂徒之心理，终必惨烈相争，傥有墨、葡之变，必为越、韩之续，故谋改国体，冀可长治久安，文电交驰，情词迫切，无非出于爱国之真诚。乃有蔡锷之流，权利熏心，造谣煽乱，非不知人民之状况，时局之艰危，但思侥幸一逞，傥其大欲，即涂炭生灵，倾覆祖国，亦所不顾。抑知国之不存，权利何有？此等举动，早为国民所预料，幸而发觉尚早，不难随时消灭。各省官民，佥谓国体既经全国人民代表开会决定，一致赞成君宪，并同戴一尊，根本大计，岂可朝令夕改，断无再事讨论之余地，吁请早登大位，速戡反侧，同深义愤，万口一词。
“予以蒋德，既受国民之推戴，将吏之尊视，何敢再事游移，贻祸全国。苟为逆首，惟有执法从事，以谢国民。着各省文武长官剀切出示晓谕人民，分别顺逆，各爱身家，勿受煽惑，自贻伊戚。各省长官，皆能力保治安，军人尤深明大义，均任守卫地方之责，务望各以爱国勤勉，恪尽厥职，用副予视民如伤，谆谆诰诫之至意。此令。”
袁世凯对蔡锷更是恨得咬牙切齿，以政事堂名义通令各部署，凡与蔡锷有关的人一律予以撤职，在各省中和蔡锷有关的人，也都撤职。结果，在各省机关的云南籍职员以及是蔡锷的旧属都受到迫害。
袁世凯又命湖南巡按使沈金鉴，查抄蔡锷湖南原籍的财产。而蔡锷为官多年，虽然名满天下，却没什么资产。蔡锷的家人老夫人和妻子等早有准备，不知躲到了何处。只有一个兄弟是办木厂的，早已和蔡锷分了家。
蔡鄂本人只在杨度所办的华昌公司有少许股份，于是就把这股份没收。
袁世凯一方面对蔡锷大动干戈，另一方面又想通过软化的手段，使得蔡锷能够“浪子回头”
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