头又黄又黑，明显是中毒症状。”
根据这种说法，光绪是被毒死的，最大的嫌疑人是慈禧太后，因为她是当时最有权势、又严密控制光绪帝的、是最好下毒、最可能下毒的人。
第二种：袁世凯见慈禧一病难起，怕慈禧死后，光绪掌握实权，报复自已在戊戌变法出卖皇帝的行为，于是贿赂宫廷宦官，用剧毒药物害死光绪帝。
这种说法最有权威的依据是清朝最后一个皇帝溥仪的说法，溥仪说：“我亲耳听到一个侍候光绪帝的老太监讲：’光绪帝死前一天，只是用了一剂药，才变坏的。后来才知道这剂药是袁世凯送的。”
第三种：太监李莲英得悉光绪帝的日记中载有西太后死后将诛袁世凯和他的消息，与慈禧一起阴谋将毒药投入光绪帝的食物中致使光绪帝中毒身亡。
第四种：这有专家根据光绪帝生前的病历，结合当时的历史背景和现代中医学理论，推断是光绪帝因为严重肺结核病加上其它并发症，导致死亡的。
第五种：光绪帝有严重的肾亏，加上光绪帝从小身体虚弱。从几岁起就受慈禧的压制，长期处在紧张之中。后来又在做皇帝时更是经历一连串的挫折和打击，病情逐渐加重，引起一系列呼吸道、消化道、等并发病症，最后病亡。这一说法主要依据是光绪生前的病历和光绪生前自已的一段回忆。
但是，仇恨袁世凯的人和袁的政敌更愿意相信，光绪是被袁世凯所害。
可以想象，如果慈禧死在光绪皇帝前面，光绪可以亲政，要做的第一件事，肯定就是杀袁世凯。
现在，皇权落入了光绪的家人之手，光绪的家人和袁世凯的政敌看到机会来了，纷纷上奏朝廷，要求杀袁世凯实现光绪皇帝的遗愿。
逃亡海外的康有为和梁启超也分别发表讨袁檄文，提出“先帝之丧苟有可疑，袁世凯固賊也；即无可疑，袁世凯也賊也 。”
是说，无论光绪皇帝的死与袁世凯有无关系，袁世凯都是賊，都必须除之。
在一片倒袁声中，袁世凯可谓惶惶不可终日。
外界也有种种猜测，担心中国的对外政策发生变化。
一九零八年的十一月二十一日，二十六岁的摄政王载沣首次接见外国公使，袁世凯在坐。
似乎给人传递出的信息是：诛杀袁世凯的消息不过是谣言。
同年十二月二日，溥仪正式登皇帝位，定明年也就是一九零九年为宣统元年。
溥仪登基的第二天，清廷重申了准
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