感觉到了，朝廷内部对义和团有二种态度，而最高决策者在左右摇摆。
袁世凯认为必须要抓住这有利时机，立即命人拟定《严禁拳匪暂行章程》，和上谕一起张贴出去，广而告之。
章程完全是按袁世凯的意思起草，内容主要是：州县官吏必须认真访查缉办，倘所管所辖境内有设厂教习者，“照纵匪例从严查办”。
庄长、首事、地保必须随时禀报，徇隐不报，即加监禁，与匪通气，即加正法。父兄纵听子弟学习邪拳，除将子弟正法外，父兄监禁三年。
所有拳厂，一律毁平，某家设厂，其家产一律充公。告发某家设厂，将该家家产一半赏给告发之人。拿获设厂匪首送案者，赏该犯全部家产。
设厂的邻人如果顾虑拳匪报复，不敢出头告发，应即通知庄长、首事、地保，密报到官，以凭拿办。知而不报者，提案严办，窝留者与匪同罪。
从前拳匪，除著名匪首及曾犯焚抢重罪者仍应查拿外，其余被胁者但能悔过自新，一概从寛免究。倘有挟仇诬告，希图分赏者，即行反坐科罪，决不宽贷。
袁世凯一方面命令各级官员和绅士分赴四乡，挨户传谕，每天报告义和团的踪迹。
一边派出武卫右军全力追剿，在全省范围内掀起了一个剿灭义和团的**。
义和团对袁世凯恨之入骨，称人人皆欲得而杀之，食其肉，寝其皮。
他们到处散发揭贴，骂袁世凯为“袁奸雄”，“杀了袁龟蛋，我们好吃饭”的歌谣在山东到处流传。
有人还偷偷地在巡抚衙门的墙上，画了一个大乌龟。头顶红顶花翎，奴气十足的趴在洋人的屁股后面，以示痛恨。
而此时，山东和直隶正好遭逢大旱。饥民们为了生存，纷纷加入义和团，震惊中外的义和团运动爆发了。
三月十四日，朝廷正式授袁世凯为山东巡抚。
为了把已经成了燎原之势的义和团运动镇压下去，袁世凯奏请朝廷同意，把山东原有的二十四营的勇队栽并。
留下二十个营，共一万五千人，改称武卫右军先锋队，重加训练，换发新式毛瑟枪。
其后又把另外的十个营改编为左翼防军，右翼防军和沿海防军，部署在全省要地。
不到二个月，就将义和团的主要首领数十人擒获斩首。
义和团在山东待不下去了，纷纷逃到山西和直隶。
特别是毓贤到山西当巡抚后，山西成了义和团的天堂。
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