袁世凯面临的是两大难题：
一个是高密的民众阻止德国人修筑胶济铁路，另一个是遍布山东全境的义和团的活动。
袁世凯早就在骨子里认定，义和团之类的是匪患。这也很正常，他的家族本就是靠镇压农民造.反中兴的。
因此，他在上任途中，路经德州接见吴桥县令，高度评价其请明旨惩办拳匪的举动，并电促直隶总督裕禄上奏。
到任的第二天，他就先下手为强，颁布了《禁止义和拳匪告示》。在告示中晓之以情，动之以理：“统帅重兵彈压镇抚，原不难立加扑灭，究不忍不教而诛”。
除公告前任毓贤已将义和拳大首领等正法外，特出示晓谕军民人等一体知悉：
“务宜互相劝诫，守分安常，……毋误堕于迷途。其已入拳教者，痛改前非，立时解散；其未入拳教者，勿复附从。有能激发天良献首者，定以自新之陆并奖其除霸之功；如其执迷不悟，怙恶罔悛，是乃甘蹈刑章，定当严缉惩治。
“或敢包庇匪首，隐匿不报，一经发现，定将窝主按律科罪，并将里保一并究惩。倘再目无法纪，持众抗官，大军一临，玉石俱碎。本署抚部淳淳苦心，勿谓言之不预也。”
对于袁世凯出任山东巡抚，各国列强是比较满意的。
比如英国驻京公使窦纳乐致函英国外交大臣索尔兹伯理说：“关于山东北部的局势，我认为，最有希望的前景是挑选袁世凯充任山东巡抚。
“这位官员曾担任多年的驻朝鲜大臣的职务，并且最近统率驻天津附近受外国人训练的军队约八千人。
“他已经宣布，必须把全军随他调往该省：同时，他性格果断，而且在必要时立即使用武力，这是他一生中在各种危急形势下进行活动的特点。所以使人们可能期望，在他管辖的省份中，他将顺利地迅速平定叛乱。”
禁止义和拳的告示发出后，袁世凯找来手下的提督程文柄商量剿匪事宜。
程文柄一再摇头，说义和拳很多人有神功附体，刀枪不入，实难对付。
好意的劝说袁世凯，布告发出去做做样子就算了，别给自己找不必要的麻烦。
义和拳真有神功附体吗？袁世凯是个很迷信的人，但他更相信耳听为虚，眼见为实。他回忆起那次和济南知府卢昌诒在剿杀义和拳时，打死拳匪二十多人，没见有谁刀枪不入呀！但程文柄一口咬定他是亲眼所见，说的活灵活现，袁世凯也不能全然不信。
如果这些义和拳的拳民真的
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