他在军中的地位，还是不能逾越在亲族将领们之上。
在开始进攻徐州之初，郭嘉曾接过曹操的倚天剑，暂时掌管大军的指挥权，虽说那时是曹操的意思，但这一举动多少也引起了亲族将领，尤其是曹仁的不满，他曾对荀攸说过，郭嘉一旦接过军权，就将会引火烧身，只不过后来发生了许多事，而郭嘉也并没有长期控制曹操的大军，他主要的目标，还是想要迅速拿下徐州城，希望能争取在大祸降临之前，结束这场不理智的战争。
但他终究还是慢了一步，就在陶谦决定投降前的一个晚上，黑百舌将青州军叛乱的消息传到了郭嘉这里，虽然心中有万分不甘，但郭嘉知道，就算如今拿下徐州城，但如果青州军失去控制，曹操出现闪失，那所有的成果也都将付诸东流。
所以，郭嘉当机立断，扔下唾手可得的徐州城，和数万徐州降兵，连夜赶回了中军。
他们行动之快，以致走了之后一段时间，徐州城的人们，都还不知道城外的虎豹骑其实早已远去。
后来郭嘉以出人意料的方式，联合兖州军还有虎豹骑，以迅雷不及掩耳之势，奇袭青州军大营，并将控制着这只叛军的主将，迅速斩杀，使这只原本就毫无军纪的大军，一下就混乱起来，被
随之而来，训练有素的兖州军，还有虎豹骑给镇压住了。
要不是以如此快刀斩乱麻的方式，迅速解决这场叛乱，即便青州军阵型散乱，毫无军纪，但他们的人数始终摆在那里，一旦打起来，无论如此，损失的还是曹操自己，并且不管最终胜利的是兖州军还是青州军，甚至是虎豹骑，最后输的人，都是曹操。
但令敌人想不到的是，郭嘉却能用这种方式，解决了陷入危机的曹军，令一场看似已经成为败局的叛乱，迅速结束于转瞬之间，以至于隐藏在暗处的敌人都还没有来得及做下一步准备，这场看是无法挽回的叛乱，就已经在郭嘉等人的指挥下，给迅速平定了。
自此，兵权又再度回到曹操手中，他也终于从狂乱中清醒了过来。
郭嘉的这次行动，挽救了整个曹军，包括这些亲族将领们，原本，他们应该十分感激郭嘉的举动，并拥戴他，但是后来因为兖州爆发危机，郭嘉为了不再重蹈覆辙，要完全将军队掌控在自己手中，军权的争夺，又将他与亲族将领们推上风口浪尖，以至于最后决裂。
后来虽然郭嘉如愿得到了曹军的指挥权，并得到曹操的支持，但他同时也成为这些亲族将领们的眼中钉，肉中刺，只要郭嘉一日把持军权不放
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