宫城各门，随后德岛、冈山、米泽等二十余藩响应松平容保的号召，出兵控制了皇城九门，禁止三条实美等激进派公卿进宫面圣。
当天下午，中川宫、近卫忠熙等人进宫，随后禁中颁下敕令，罢免三条实美等殿上公卿的职位，要求其出家隐退。
不过面对旨意，激进派公卿表现出了抗拒，直接躲入了长州藩邸。
同时作为应对，长州及其支藩一千人左右聚集在了皇城正南的大门外，与首位对峙多日不见退却，不过摄于在京诸藩均站在了会津藩阵营，其并未有过激行动。
八月底，禁中再次传来了官家的旨意，以长州藩私藏有罪公卿为名，对长州藩宣布了惩戒，禁止长州藩藩主毛利庆亲及藩侯世子上洛，剥夺长州藩拱卫皇城九门的职责，并要求在京长州藩藩士限期离京，藩邸仅能保留少量留守人员。
鉴于朝廷旨意明确，以尊王为藩政核心的长州实在没有理由抗旨，虽然心有诸多不满，但为了避免站在诸藩大名的对立面上，长州藩藩兵暂时撤离了京都，三条实美等被朝廷判定有罪的公卿，则是跟随大部队撤往了长州境内。
长州军一撤离，在大和起兵的“天诛组”等浪士，便被拱到了第一线，以山城藩为首的畿内诸藩发兵大和，仅仅几天便收复了大和的幕府代官所五条城，成建制的“天诛组”被肃清，畿内迅速重归平静。