击炮、掷弹筒等武器，因此双方的火力根本不在一个层面上；二来是人民军训练有素，既使是只用步枪，也知道如何发挥火力，互相配合协作，并且充份限制对方的火力发挥。
结果一阵激烈的交火之后，红莲教军的伤亡惨重，尸横遍野，控制的区域也失去了大半，就连高层人员也伤亡了过半，剩下的人也只能守在州衙的几间房屋里，进行最后的抵抗。
不过到了这时，红莲教的大势己去，人民军也不想跟他们多费功夫，架好数十架掷弹筒，向这几间房屋展开了猛烈的轰击，只将这几间房屋打得千创百孔，门裂屋开，既使是在停止了炮击之后，整个房间里仍是硝烟弥漫，什么都看不清楚。
差不多等了十余分钟，硝烟才渐渐淡了，而房屋里也没有什么动静，这才派士兵进去探查，只见房屋里横七竖八，尽是血肉模糊的尸体，已然没有一个活人了。
到了这时，这一战也全部结束，人民军占领了阜阳城，红莲教的作乱，也就算是被人民军平息下去。
而在战后清理战果，投降的人共计达到了112538人，在战场上还俘虏了7892人，共击毙6154人，另外在战斗中，城中的居民也伤亡了5000余人。而根据俘虏的辩认，大部份的红莲教高层人员的尸体都被确定，还有几俱尸体因为面目模糊，辩认不清，只能从服饰上判断其身份，算是疑似，还有几名混进军队的高层也被找到，再加上前几场战斗中击毙或俘虏的人，基本可以确定，红莲教高层人员包括教主、长老等在内，十之八九都被人民军击毙或俘虏，仅仅只有几人漏网，但也影响不了大局了。
同时还缴获了大量的粮食、白银、布匹、器皿等物，收获到是相丰富。但投降加俘虏，共计约12万余人，也是一个巨大的包袱，因为现在人民军一共才16000余人，而红莲教军的成分也是参差不齐，三教九流、五行八作都有，虽然大部份都是穷苦平民，但也不乏有地痞流氓、无赖游民之辈，甚致还有一些亡命之徒，江洋大盗，他们加入红莲教也是出于投机，借红莲教的势力来抬高自己的地位，而红莲教失势之后他们自然也不会陪红莲教殉葬。
但虽然是迫于人民军的强大战斗力，他们不得不随大众投降，但在战争结束之后，又有些旧态复发，而且人民军对待俘虏还比较客气，口气尽管严厉，但一般不会打骂俘虏，结果让地痞流氓、无赖游民以为人民军是软弱可欺，因此故意找茬闹事，阴阳怪气，叫走不走，叫坐不坐，横挑鼻子坚挑眼，甚致还煽动其他的俘虏一起闹
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