常被利用做组织农民起义的宗教工具。并且白莲教还衍生出大量的分支、旁支教派，居统计白莲教的分支、旁支教派不下百个，而且这些分支、旁支教派各不相属，教义颇多歧异，组织、仪轨和活动方式也不尽相同，而且也良莠不齐，但总体来说，教众主要来自下层社会，并或多或少地带有白莲教的印记，在民间也一般笼统地称为白莲教。广义一点算的话，在历史中比较著名的教会，义和团、红枪会、小刀会等，都可以算是白莲教的分支。
在庚子年间，有大量白莲教的分支、旁支教派都参加了义和团运动，而在义和团失败之后，大部份的分支、旁支首脑们都躲到民间潜伏起来。而这次长江大水，六省均受灾，受灾地域广泛，灾民超过千万人，因此潜伏在民间的白莲教的分支、旁支教派首脑们又看到了机会，于是又开始蠢蠢欲动起来，最终决定在长江沿省分头起事。而选择在安徽省颖州府起事的，就是红莲教。