习惯性的称为两京十三省。
大明的核心，自然就是北方的北直隶为首，就是在北直隶之内的北京，它的地位跟一个省都是相似并列的。
另在南方同样有一个南直隶，作为陪都南京。
本朝的南、北直隶是一种特殊的存在，很多人都把南、北直隶认为是一种政区，其实是一种很大的误解。
南北直隶的府和直隶州与十三布政使司一样，都是直接归中央六部管辖的，南直隶是南京及附近府和直隶州的统称；北直隶则是京师及附近府和直隶州的统称，南直隶不等于应天府，北直隶不等于顺天府。
南北直隶本身没有官署、没有机构、没有行政长官，顺天府、应天府虽然是京府，但也还是府级，府尹是不能管其他府州的，没官署、没机构、没长官自然就不能称之为政区了。
实际上，直隶用于后世的话说，就是直接管辖的区域，北直隶的意思就是北边（中央）直辖的区域。
其实这一制度还源自元朝，元朝中书省直辖区域就用中书省表示，元朝的中书省相当于后世的国务院，元朝对这一区域则用腹里一词表示，本朝改用直隶表示。
北直隶有府十四，直隶州四，属州十七，县九十七，大致与今天的江苏省、上海市、安徽省辖区一致。
十四个府分别是：应天、凤阳、淮安、扬州、苏州、松江、常州、镇江、庐州安庆、太平、池州、宁国、徽州。
四个直隶州分别是：徐州、滁州、和州、广德。
在大明二百七十年间，南京的地位非常特殊。说特殊，因为南京是本朝的定鼎之地，朱元璋坐镇南京四十年（含称帝前），统一天下，但因为北元威胁太大，成祖朱棣把国都迁到北京。
因为朱棣的根基在北平，在南京，他不怎么得人心。所以永乐元年，朱棣下诏升北平为北京，为迁都做准备。此时的北京还不是正式国都，只称行在，毕竟北京还要大规模修建皇宫。
至永乐十九年初，一切准备就绪后，朱棣这才正式定北京为国都（京师），原国都南京降为留都。
留都的级别要比陪都高，打个不那么形象的比喻，陪都是妾，留都是前妻。朱棣不喜欢住南京，但南京是他父亲朱元璋打天下的地方，孝陵还在。这一点，决定了南京不再是国都，地位也不会低。原国都南京的所有机构，原封不动的保留下来。比如北京有六部，南京也有六部，尚书、侍郎一个不少
然而南京六部尚书是没什么权力的，要么是从北京
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