中秦岭梁地势险要，而黄金峡临黄金水所相邻的锁龙关、铁城戍都有重兵把守。
而新子午道则通过三个海拔高点，依次是黄金峡大拐弯、平河梁和秦岭梁，新线比旧线少翻一个高山，而且平河梁地势较为平坦，所以高迎祥决定走新子午道。
随后大军行至三河关受阻，三河关为佛坪县大河坝乡三河口村，蒲河、汶水河、椒溪河汇合处，关隘在三河口大坝处，三河关把总陈玠琦拒不投降，且三河关大部分人皆姓陈，都算是家丁，一呼百应，加上关口墙、垛均为石头砌成，地势又利，易守难攻，三水汇合之地，河道纵横，沼泽遍地，大军又不好展开。
高迎祥率部攻了四天才攻破。
此时的距孙传庭到任还不到三个月，手上的军队也只有离京时的三千人，在接到求救文书后，决定一方面立刻派人前往洪承畴、卢象升处求援，一方面派人继续探查高迎祥接下去的进兵路线，准备等待洪承畴大军一起擒住这个贼首。
而洪承畴在接到孙传庭的求援以后，立刻率大军前往西安救援，并派遣了贺人龙为前锋。
孙传庭汇合贺人龙部，兵出西安，他料定高迎祥要走这条道，亲率一万精兵，以逸待劳，布下埋伏，早已等候多时。
他们仇人相见，啥也不说，抽刀便砍，一开战就是好几天，流寇不敌，最终高迎祥的军队被包围。
名将孙传庭真不是等闲之辈，吩咐手下，竖起一面白旗，和一面红旗对敌军进行分化瓦解，愿意投降的可以去白旗那，愿意打的去红旗那送死。
这招瓦解敌人的招数果然有用，高迎祥在黑水峪虽然奋勇抗敌，终究是大败，全军覆没。
孙传庭，初任陕西巡抚，主要任务就是剿灭流寇，而这位孙传庭仿佛就是高迎祥的克星，孙传庭到任之后，重新组建军队，在榆林镇招募乡勇，组建了秦军。
这支军队只经过短暂的训练，开赴战场，却展现了强大的战斗力，成为与关宁铁骑等齐名的精锐部队，而且孙传庭下决心稳定陕西局势，恢复生产，其首要任务就是剿灭流寇。
但是令人意外的情况出现了，这就是孙传庭经过短暂训练的这一支军队，居然爆发出强大的战斗力，跟高迎祥他们的身经百战的流寇精锐军队，居然不相上下，双方在子午谷附近，杀了一个天昏地暗。
高迎祥他的大军本来就是丧家之犬，一直被人东赶西赶，现在更是走投无路了才寻思量冒险，偏偏他们又不走运，遇上了天下大雨，缺粮缺的厉害，结果他们被
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