基于枢纽交通设计要素的划分层次，枢纽交通设计可划分为枢纽总体布局设计、枢纽交通衔接设计、枢纽交通设施细化设计3个层面。
枢纽总体布局设计包括空间布局、区域划分、衔接布局等宏观层面设计要素；枢纽交通衔接设计包括不同交通方式间交通衔接与客流换乘模式，交通流线优化与组织等中观层面设计要素；枢纽交通设施细化设计包括交通运输设施、客流换乘设施、客流导向标识等微观层面设计要素。
基于枢纽不同交通方式的任务分工，枢纽交通设计可划分为客流运输系统设计、客流集散系统设计、客流换乘系统设计3个主体。
以城市对外交通枢纽为例，枢纽客流运输系统设计针对铁路、公路、航空、水运等交通运输系统的特点，设计不同交通方式的空间布局、占地规模、交通设施、客流组织、交通流线、客流导向标识等，以满足客流的远距离出行需求；枢纽客流集散系统设计，针对城市道路交通系统与轨道交通系统的特点，设计不同交通方式的空间布局、交通设施、运营组织、交通流线、控制方案、客流导向标识等以满足枢纽客流的汇集与分散需求；枢纽客流换乘系统设计，针对枢纽内部的客流换乘特征、交通流线组织优化方案，设计不同交通方式间的交通衔接与客流换乘模式，换乘设施的空间布局、建设规模，以及换乘客流的导向标识等。