推翻千年成例，这实在是一个太大的挑战，前明西南土司叛乱的尸山血海，足令任何后来的当政者望而却步。但世宗此人，真正是一条铁汉，决心下定了，便一以贯之，绝不动摇。另有一个鄂尔泰，也是一副孤臣孽子的脾气，咬定青山不放松，君臣相得，撸起袖子，大干起来。
雍正四年，世宗大举清除异己，胤禩、胤禟、胤禵等政治反对派，或幽死，或圈禁。统治稳固了，世宗便立即着手“改土归流”。
“改土归流”遇到了意料之中的激烈反抗。时任云贵总督的鄂尔泰铁腕镇压。当年，即平贵州长寨土司叛乱；次年，平云南乌蒙土司、镇雄土司叛乱。这两次平乱，都杀戮极惨，尤其是平长寨土司叛乱，到了“老少无遗”的地步。
土司们终于被震慑住了。
雍正六年，世宗任命云贵总督鄂尔泰为云、贵、桂三省总督，加快在上述地区推行“改土归流”。
云、贵、桂地区的“改土归流”，自雍正四年始，至雍正九年，历时五年，基本完成。两千年的历史上，中国中央政府，第一次对云、贵、桂三省，行使了完整的行政权。
需要指出的是，“改土归流”大业，能够在雍正朝完成，除了彼时中国国力强大、中央政府权威巩固、世宗本人坚定不移之外，自明朝开始的汉军、汉民向西南地区的迁移，也是重要原因之一。到了雍正朝的时候，当地的土、汉人口比例，较之前明，已经有了相当程度的改变了。
靠近贵州、广西的湖南、湖北、四川境内，亦有不少土司，在这一轮的“改土归流”中，也被一勺烩了。这班土司最近内地，本来就已相当程度的汉化，独立性亦远不及偏远地区的土司，慑于朝廷雷霆之威，几乎都是主动“投献”的。
不过，西南地区的“改土归流”，还是留下了一个大大的尾巴，这就是四川接近西藏的一大片土地，也即是瞻对、理塘所在之处。
这个地区的土民，以藏人为主，和西藏关联紧密，在此“改土归流”，就是动西藏的奶酪。
康熙末年，准噶尔袭杀固始汗之孙拉藏汗，灭和硕特部，控制西藏。朝廷抓住这个机会，用兵西藏，派大将军王胤禵入藏，驱逐了准噶尔。自此，朝廷的手，才算真正伸进了西藏。
雍正五年，也就是在西南地区开始“改土归流”的第二年，始设驻藏大臣。历史上，中国中央政府，第一次正式对西藏行使行政权力。不过，这个行政权力，是非常不完整的，仅仅处在一个“监督藏政”的阶段。西藏的内
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