部当时正在建造
1989年，在亚历山大皮尔斯的秘密掩护下，怀特霍尔保外就医成功，逃离监狱回到奥地利。
同年加勒特（千里眼）在萨拉热窝执行任务没有得到神盾局救援，因而仇恨神盾局，加入了九头蛇。第一项任务就是训练格兰特·沃德；
神盾局启动宇宙魔方计划“天马计划”惊奇队长遭到克里人袭击而坠机
1990年，加勒特成为第一代（死亡战士）蜈蚣血清实验者，结果失败
1991年12月16日下午7点01分，霍华德与妻子被冬兵暗杀，夺得五份超级士兵血清，制造了五个狂暴的冬兵。
1992年，皮尔斯被授予诺贝尔奖，但拒绝领奖，担任神盾局地方分局局长的尼克·弗瑞救出来皮尔斯的女儿，从而得到了重用。
1993年8月，怀特霍尔动用了超级士兵和大批士兵进攻异人族村子抓回嘉莹，用器官和血液帮着自己恢复青春，黛西失踪（新时间线），父亲进入神盾局；1月，黛西乘坐飞翔的列车被送到原地，被神盾局带回
1995年，惊奇队长觉醒，开始对抗克里人，尼克·弗瑞提交复仇者计划