不死，趁摄政王发丧之期，伙同祁充格、刚林、福亲王等人再度造反生变。平定后造幽禁。宫中有传言称福亲王等人谋反一事，全由上官耀华一手策划。为的就是除去这位辈分上压制着他的“义父”，一面防止他“咸鱼翻身”，再威胁到自身地位。
同月十日，礼部上顺治帝亲政仪注，十二日正式御驾太和殿。此番顺治再不如往日般逆来顺受，二月顺着剿灭多尔衮党羽，将谋反诸众一并尽诛。福亲王一死，上官耀华在宫中即刻如鱼得水，似乎也更证实了众人揣测。为此顺治却是未发一言，对他也以隐忍安抚为主。
十年后，董鄂妃逝世，顺治悲痛欲绝，这一回再无人在身旁宽慰，终于一蹶不振，毅然离宫而去。有人传说他果然在清凉寺出家为僧，也有人说他出宫不久，便即病逝。种种说法各不相同，此事更与庄亲王舒尔哈齐及太宗皇帝皇太极的死因并列为清廷几大悬案之一。
顺治离宫前，发布遗诏名曰“罪己诏”。首段说道：“朕以凉德承嗣丕基，十八年于兹矣。自亲政以来，纪纲法度、用人行政，不能仰法太祖、太宗谟烈，因循悠乎，苟安目前，且渐习汉俗，于淳朴旧制日有更张，以致国治未臻，民生未遂，是朕之罪一也。宗皇诸王贝勒等，皆系太祖、太宗子孙，为国藩翰，理应优遇，以示展亲。朕于诸王贝勒等，晋接既正东，恩惠复鲜，以致情谊睽隔，友爱之道未周，是朕之罪一也。”
八年时汤远程辞官而去，上官耀华势力坐稳后，逐渐横行无忌。顺治对满臣由衷失望，更以任用汉人为广。是故诏曰“满洲诸臣，或历世竭忠，或累年效力，宣加倚托，尽厥猷为，朕不能信任，有才莫展。且明季失国，多由偏用文臣，朕不以为戒，反委任汉官，即部院印信，间亦令汉官掌管，以致满臣无心任事，精力懈弛，是朕之罪一也。”
董鄂妃故世后，顺治追封其为端敬皇后。举办葬礼时伴有共同祭奠沈世韵之意，大量花费，诏曰“端敬皇后于皇太后克尽孝道，辅佐朕躬，内政聿修，朕仰奉慈纶，追念贤淑，丧祭典礼概从优厚，然不能以礼止情，诸事太过，岂滥不经，是朕之罪一也。”
当年沈世韵谋反之时，曾草拟遗诏，逼他当场签字。顺治起初愤懑不已，其后对沈世韵百般思念，连那遗诏也视为珍贵纪念之物，离宫时更一并带在身侧。日夜深思，倒觉所言也不无道理。将原句稍加改动，录入其中，诏曰“朕夙性好高，不能虚己延纳，于用人之际，务求其德于己相侔，未能随材器使，以致每叹乏人。若舍短录长，则人有微技，亦获见用，
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