朱琳渼按照后世军队的指挥、管理模式改良而来。其中战略指挥部是最高作战指挥单位，由兵部尚书亲任总官，负责明军战略部署、军事指挥和决策。
参谋部则是战术级别的作战计划制定部门，主要由野战军高级参谋组成，也有少量驻军参谋。他们还负责包括军校管理、军官考核等工作。
后勤司顾名思义，就是负责明军后勤辎重的部门，暂时由龙卫军后勤司长官应天祥负责。日后明军所有粮草、辎重、军马、旌旗帐篷等都由这里统一采购、调配。后勤司还配有自己的专有运输力量。
军器司则负责武器的采购、研制、配发工作。大明各军器局的生产任务暂时都是这里分配的。不过等日后实行军器招标采购之后，军器司便成了与后勤司类似的部门，不过管理的方面不同而已。
至于水师，由于在十七世纪时，他们与陆军从管理到作战各方面都完全不同，故而被单独列出，另行管理。