在听了龚应祯的一番说辞后，便立即改变了主意，当日即颁下诏书，宣布朝廷改迁永昌，并由晋王节制诸路兵马护驾。
此时，清军已逼近交水，到处风声鹤唳、草木皆兵，听闻清军即将追来，沿途逃难百姓顿时乱作一团，数十万人争先恐后地向着永昌方向奔逃。在难民的带动下，各营将士亦是军心大乱，也欲跟随难民同走。
定国见状，不禁勃然大怒，一面训令各营不得擅自撤离，一面整顿兵马，准备调头迎战清军。可如今明军的士气早已跌落至谷底，根本无法与清军交战。无奈之下，定国只得让白文选率部前往驻守玉龙关，令其务必阻止清军进入永昌境内，然后亲率主力继续西撤。
永历十三年正月初三日，清军多尼、吴三桂、卓布泰三路兵马会师于滇都城下，留守滇都的明军此时还没有得到朝廷西撤的消息，冯双礼见清军势大，当即决定弃城而走，匆匆向建昌方向转移。
与此同时，跟随主力撤出滇都的延安王艾承业亦对朝廷突然改变主意，不再入川颇为不满，他亲率一千精兵埋伏于大寺之中，打算劫持永历帝向北奔赴建昌。
世上没有不透风的墙，提塘在侦得此情后，立刻将消息急报定国。定国大吃一惊，连忙亲率一千精骑负责断后，艾承业见机密已泄，慑于定国的威望，不敢派兵追击，只得带着本部人马脱离了西撤的明军主力，北上与撤出滇都的庆阳王冯双礼、广平伯陈建、武功伯王会诸将会合，然后继续向建昌转移。
其实文秀在孙可望掌权时期麾下并没有多少嫡系部队，数次出征所调之兵皆由孙可望拨给。后来孙可望降清，定国将明军分为“晋兵”、“秦兵”，此举引起了原秦藩旧部的不满，因此这些秦藩旧部大多选择归附文秀，文秀自然也成为了“秦兵”的代表人物。可如今，随着定国扈卫永历帝西撤，蜀藩旧部北入四川，两支明军主力就此分道扬镳。
不久后，以吏部尚书张佐宸、兵部尚书孙顺、礼部尚书程源、户部侍郎万年策、大理寺少卿刘泌、左佥都御史钱邦芑、少詹事汪蛟为代表的一大批明朝官吏听说朝廷临时改变方针，由入川转为西撤，不禁对复兴明室的前途感到渺茫，纷纷选择脱离朝廷，或隐或遁，各自寻找避难之所去了，当永历帝逃抵达永昌时，仍旧追随身边的官员已经所剩无几了。