与张定国俱称千岁，并于蜀王府内建造东西二王府，张可旺居东府，定国居西府。
又以张可旺节制文武百官，改明旧制，设丞相一职，所有一切大小事务先由丞相裁决，然后呈报皇帝。
封汪兆龄为东阁大学士兼左丞相、严锡命为内阁大学士右丞相；另有吏部尚书胡默、户部尚书王国宁、礼部尚书吴继善、兵部尚书龚完敬、刑部尚书李时英、工部尚书王应龙；京畿道御史齐之奂。
并设四将军：张可旺为平东将军，监十九营；张定国为安西将军，监十六营；张文秀为抚南将军，挂先锋印，监十五营；张能奇为定北将军，监二十营。
设五军都督府：中军府都督兼五城兵马司都督王尚礼，提督御营，提督皇城都指挥窦名望；另有前军府都督白文选、后军府都督冯双礼、左军府都督马元利、右军府都督张化龙、水军都督王自奇、水师左都督王复臣、水师右都督王自羽等。
除王尚礼、窦名望两都督坐镇成都外，其余各都督皆统兵分镇于各地州县。
由于正值非常时期，成都城内严格实行门禁和保甲法，各门设一兵部、二都督，门军守备一千人，严查出入人等。同时为了方便战时调兵，张献忠还下旨将成都城内的主要街道尽数拓宽至十来丈，所有妨碍街道拓展的房屋全部拆毁，改造后的街道能容纳五十骑并行而过。
登基大典结束后，为了填补各州县官吏的空缺，张献忠当即传谕全川军民人等，要在成都开科取士。一时间，前来应试的生员多达九千余人，遂以汪兆龄为主考，严锡命为副主考，刘承吉为提调。经过多轮会试，取进士五十名参加廷试。
廷试在保和殿举行，由张献忠亲自主持，张献忠当场手书大字试题一道：《以兵胁蜀，同定江山》，命太监传示各座，照题做文。最终选定樊为璧为状元，欧阳直为榜眼，史缵传为探花。
随即，张献忠又对大西军进行了大刀阔斧的整编，合计编为一百二十个营，每营设一名总兵，总兵之下，另设副将、参将、都司、游击诸官。
每十营设都督一名，全国共设都督十二名，其中以四十个营驻防成都四门，由张可旺、张定国、张文秀，张能奇四将军统御，其他八十个营分驻于各州县。另还有龙韬、虎略、神策、天讨、虎贲、鹰扬、天威、羽林、虎威、豹韬十营，为中军都督管辖，称御营，一切地方事物皆由中军府都督王尚礼负责裁决处分，若非重大事务，不必上奏皇帝。