制，祸及民房，百姓死伤无数，两万多间民房皆毁于一旦。待至次日清晨大火熄灭，曾经繁华的中都凤阳早已沦为了一片焦土。
踏着黎明的曙光，闯王高迎祥率部赶至凤阳，与张献忠会师。
凤阳沦陷的加急塘报在三日后送至京师，朝野上下皆震恐不安。崇祯帝气得大哭不止，当即决定罢朝一日，身着素服布袍，亲自跑到太庙，跪在祖宗牌位前，向列祖列宗请罪。 并下诏罪己：“流氛震惊皇陵，祖恫民仇，罪实在朕。凤阳被攻克，皇陵被焚毁，是古今未有之奇变，国家已处于君辱臣死之秋。”
为以儆效尤，崇祯帝派出缇骑，逮捕临战脱逃的凤阳巡抚杨一鹏至京，论死弃市；守陵太监杨泽尽管畏罪自杀，但也难逃其咎，照章议罪；巡按御史吴振缨因未及时奏闻，削职为民，永不叙用；兵部尚书张凤翼亦受到戴罪视事的处罚。
然而崇祯帝这一番雷厉风行的操作却并未起到丝毫作用，自凤阳之役后，各路官军畏惧义军，唯恐被其歼灭，皆不敢正面与义军交锋，各地州县官吏，也没有守御之策。义军所到之处，从者如市，一时间局势糜烂，竟到了不可收拾的地步。
由于凤阳既是大明王朝的中都，又是大运河漕运的重镇，在处罚完大批官员后，崇祯帝不得不重新考虑对付义军的策略和部署。他急调出关辽东铁骑三千，由祖宽统领前往剿贼；同时命山东巡抚朱大典接替凤阳巡抚，移驻凤阳；总兵左光先控制临洮、巩昌、西安、汉中，曹文诏扼守南阳；又命洪承畴统率秦兵出关，节制诸路镇抚，务必在六个月内扫荡廓清，立颁上赏。
接到崇祯帝的谕旨，洪承畴深感皇恩浩荡，亦觉重任在肩。在他看来击退各路流寇虽说不难，但若想将其一举全歼却是难上加难。饥民遍地，倘若有漏网之鱼逃脱，不知何时又将卷土重来，一旦呈星火燎原之势，必将陷入流寇越剿越多的死循环中。
正当洪承畴愁眉不展之时，崇祯帝的第二道谕旨又到了。
原来崇祯帝担心洪承畴无法驾驭那各路骄兵悍将，又授予了他便宜行事之权，若有巡抚大臣不服从调遣、违犯军纪者，分别参治；督抚诸臣，立置重典，可先斩后奏；巡按御史不及时上疏奏报的皆一并惩处。
一日内连续两道圣旨，崇祯帝的迫切心思洪承畴又何尝不知，他当即召集军中诸将议事，筹备军械粮草，并于三日后在西安誓师出征，率军出关赶赴河南。
左良玉、曹文诏、张应昌、秦翼明、邓祖禹等各路官军，以及从辽东边境及各地新调
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