随着时间推移，触手百合灭绝，恐龙时代来临，头盖龙、遁甲龙、圆盖海龟、始祖小鸟活跃在世界中，怪颚龙称霸整个世界。
在新世界漫长的演变过程中，无数种宝可梦不断生灭，成为历史，只有传说中的宝可梦得以永恒，冷眼旁观世界上的沧海桑田。
人类也在时间的推移中渐渐形成了完整的文明。
上古时代，盖欧卡、固拉多从沉睡中醒来，二者因理念之争大打出手，盖欧卡带着海水肆虐陆地，固拉多裹挟岩浆进入海域，填海造陆。
暴雨倾盆，岩浆涌入海水产生的有害气体直冲天际，惊醒了天空中沉睡的裂空座，为了维护大气层的稳定，裂空座出手将两只超古代宝可梦制服。
因在战斗中能量消耗过大，两只超古代宝可梦退出了原始回归状态，盖欧卡再次回到无底海沟积蓄力量，固拉多钻回地底岩浆中陷入沉睡。
它们伺机等待着下次扩张领地的机会!
虽然盖欧卡已经离开，但陆地上肆虐的洪水却没有被它带走，人类和宝可梦们齐心协力治理洪水。
东方地区，带领治水的功臣被推举成了王者，人类文明中开始出现国家这一概念。
当国度中暴君当政，有彩虹使者持虹色之羽推翻了暴君统治，建立新的王国。
这一事件，史称“玄鸟生商”！
屠龙的少年终成恶龙，延续了几百年的王国中再次诞生暴君。
国王帝辛被千年九尾所迷惑，为给九尾收集古代能量，弄得人间生灵涂炭。
炮烙之刑下，三只伊布惨死，凤王终于发怒，对人类彻底失望，将三只伊布复活后飞离了人类国度。
岐山，一根虹色之羽落下，少年曾听闻凤鸣。
新的彩虹使者再次出现，为推翻暴君的统治而努力，史称“凤鸣岐山”！
新的王朝建立，彩虹使者持虹色之羽跑入大商宗祠，恭迎凤王降临。
但他等来的却只有三圣兽，三圣兽告知新任彩虹使者，凤王已经不再信任人类，不会再接受人类的供奉。
由此为始，仙凡之隔，传说之名渐渐从人类历史中淡化。
……
西方，巨人创造的种族肆虐大地，一位名叫宙斯的青年，带着他的搭档捷拉奥拉打败所有巨人并将巨人们封印，还大地一片安宁。
宛如神迹的战斗场面震撼了愚昧的人们，青年被推举成神，带着同样有功的十一位参战者住在奥林匹斯山上，他们被人
…。。