太阳逐渐西落，柯南背着书包心事重重地回到侦探事务所。
新出智明回来之后，他意外地再次发现了黑衣组织的踪迹，跟着痕迹追查下去，发现了刚刚死去不久的电脑工程师板仓卓，对方正受组织的委托编写一种危险的软件。
在他的日记里，板仓卓说这款软件危害到全人类，所以并没有完成。板仓卓原本是打算在交货日前离开日本，但谁知意外死亡。
发现这些信息的他欣喜之余并没有联系其他人，和阿笠博士两个人悄悄地去了板仓卓的住址。那天刚好是交货的日子，他到达住处之后搜查板仓卓屋子里的资料，还没多久，伏特加的电话打了过来。
攫欝攫。他冒险用板仓卓的声音跟对方交涉，约定凌晨四点在车站的地下室铁柜交货。他试图得到伏特加的指纹、唾液，并且在软件盒子里装了发信器，想要找到黑衣组织的所在地。
但谁曾想除了伏特加之外，琴酒也来了。
不同于伏特加这个粗心的大个子，琴酒的观察能力和推理能力都是一流的，轻而易举地就看出了他的手段，并推测放置东西的人还藏在附近。
他胆战心惊地藏于柜子中，听着对方一个一个打开柜门寻找的声音，然后因为缺乏氧气昏了过去，直到天亮的时候被博士找到。
一晚上心惊胆战，到头来除了板仓卓加密的日记，再没有收获到有关于那个组织的有用的信息。
即使这件事情已经过去几天，他还是有些神不思蜀。
他没有跟灰原也没有跟上川瞬说这件事，他不是不相信他们，而是这两个家伙总有很多事情瞒着他。这种什么都不知道的感觉让他十分不好。
“我们是上帝也是魔鬼，因为我们要违逆时光的洪流，让死者重新复苏……”
他低声呢喃着从日记里看到的这句话，越想越感觉冰凉，那股寒意似乎要将他整个人笼罩在其中。
“柯南！”小兰气叉腰呼呼地瞪他，“我都叫了你好几次了，你在想什么呀！”
“啊？”回过神来的柯南一脸茫然。
小兰又重复了一遍刚才的话，“我说！明天就是空手道的比赛了，你来给我加油吗！”
“啊？什么时候？”柯南更茫然了，他这几天都在想关于组织的事情，完全忘了小兰的空手道比赛。
“就是周末啊，这次比赛京极真也会来。”
“京极真？”柯南记起这个人了，他有些疑惑，“京极真不是已经是日本空手道冠军了
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