台汗国。又在阿姆河
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新疆
南岸曾设立行省，后并入伊利汗国。今乌鲁木齐一带曾设置别失八里行省，后一度被察合台汗国占据，后期重新成为元朝的辖地。
明代在西域处于退缩状态，在今克什米尔东北和藏西设置俄力思军民元帅府；1406年，又设立哈密卫，任用当地世族首领为各级官吏统辖当地军政事宜，维持商贸通道安全，对西域地区实施羁縻控制。洪武三年（1370年）察合台汗国灭亡后其后裔建别失八里，都城在别失八里（今吉木萨尔北破城子），永乐十六年（1418年）迁都亦力把里（今伊宁）。15世纪中叶，吐鲁番部强大，1472年，哈密等卫所一度被吐鲁番攻破，诸卫内迁，后复，1514年再度被并，明朝最后退守嘉峪关。明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国。
清朝时期
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新疆
17世纪，准噶尔（蒙古的一支）叛乱，并攻打外蒙古。1697年，清军击败了准噶尔，控制了新疆东部。雍正皇帝时，贵州东南部新辟疆土亦称新疆。当时，西域新疆和云南、四川、贵州等地新纳入清王朝统治之下的地域，统称“新疆六厅”。《清史稿》载：“十二年，哈元生进新辟苗疆图志，以尹继善督云、贵，而复有黔苗之变。初，苗疆辟地二三千里，几当贵州全省之半，增营设汛，凡腹内郡县防兵大半移戍新疆。”1755年，清朝攻占固勒扎；1757年，清朝彻底平定了准噶尔叛乱。乾隆皇帝把这片土地命名为“新疆”，取因“故土新归”之意。1759年，清朝又平定天山以南因准噶尔部消失而趁机坐大的回部，即***教白山派首领大小和卓反叛，从此完全确立了清朝对新疆的稳固统治，回部之前在准噶尔暴力统治之下。而准噶尔部被灭族也直接导致新疆及中亚部分完全***化。1771年，土尔