江左终于见识到了北府那庞大的战争机器，证实了传说中的事实。东路，徐当率领五万北府军，一路攻陷淮阴，临淮，射阳和高邮，范六叛军又重施惯技，领着残军逃回了盐渎，谁知北府的第二近海舰队却在盐渎东边的海面等着他们，无路可逃的范六立即投降，但是北府军却没有因此而放过他。范六和他的两千亲信党羽被押解回了淮阴，在这座他曾经称帝的城池里，北府官员当着数万百姓的面历数范六及其党羽的累累罪行，然后将这两千余人尽数押到淮河边，以谋逆大罪全部斩首。为害徐州数年的范六叛逆终于被肃清了。
徐当大军继续南下，临泽的袁瑾和朱辅率领数千朝歌军负隅顽抗，最后在两万北府军的雷击之下先后身死，余部五千余人尽降。
江左朝廷驻扎在临淮盱眙的是东海太守刘波，他在数万北府大军团团包围下，还没有等到朝廷的诏书便出城投降，交出了官印和手里的兵马。驻守广陵的桓石虔却没有那么好说话，他在北府大军的包围下守住广陵城死活不吭气，既不开打也不投降。但是到了第五日朝廷却送来了一道措词严厉的诏书，要求桓石虔在内的各路人马必须听从北府的调度和指挥。
桓石虔泪流满面地面向建康跪拜施礼，然后交出了军队和广陵城，黯然地带着家人赶往许昌待罪。
徐当随即攻入海陵（今江苏泰州），接着在北府海军第四近海舰队的配合下遣军渡江取了京口。京口现在已经群龙无首，而且兵力空虚，就这样落入了北府之手。而徐当在广陵停了下来，开始稳定起徐州的局势，十一月，北府从冀、并州抽调了三万府兵，增援东路作战。徐当遣王开、朱武章领三万大军南下。归于中路柳畋统辖，接受统一指挥，平剿三吴叛乱。而也在这一月，曾华上表任命的徐州刺史章琨在彭城上任。
中路，柳畋领两万大军渡江之后一举击破桓秘、桓济、桓熙的叛军，收复建康城。桓秘叔侄拥会稽王司马道子汇合城外的袁恩军，仓惶东逃，准备逃回老巢京口。谁知在路上袁恩突然发难，布下伏兵将桓秘、桓熙、桓济连同司马道子数百人尽数杀死。算是会为其义父袁真报仇。在逃回临淮的路上，灌秀突然反正，斩杀袁恩及其亲信三百余人，夺回桓秘叔侄以及司马道子的首级，领军向建康投诚。
柳畋坐镇建康，先接收了桓冲地两万官兵，缴械整编。而桓冲上表朝廷，辞去所有官职，并传令扬、豫、广、徐、交诸州兵马原地待命，不得异动，而自己带着家人赴许昌待罪。十月中，柳畋汇集了五万后续从司、豫、兖州调集
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