将军曾华的授权，调遣北府各处陆海军，组建战时军队制度，发布作战目的，下达作战命令，通知尚书行省陆海军部立即执行动员令等等。从很多功能上看，曾华把它按照“异世”总参谋部来设置的。
枢密院下设两署五司。等同于尚书行省地部。
军机参谋署，平时负责整理军事情报，并以此为据进行分析和推演，给出时局报告。并定期组织各
和府兵进行联合演习，考课各级主管军官将领。它特殊的职权，那就是负责管理北府各陆海军军官学院以及组织每年的军官毕业考试，并有优先录选优秀毕业军官的权力。而在战时，军机参谋署就自动成为作战指挥中枢。负责全局的作战指挥。发布战略命令。主官是军机都事。由谢艾兼领，并设军机主事十余人，分领各科，每科均对应不同区域，均属有参谋数十人。
军法署是北府军队内部的理法裁判机构，负责北府军队内部违法违纪事件的裁定，并量刑判定惩戒。军法署在军队各部中以营设为基础设军法庭。派驻军法官。设大军法官十名合议总领该署事务。
军政司，这是一个“老机构”，负责任命和管理北府陆海军的书记官。而书记官主要负责军队将士们地“思想工作”，照行北府军中特有地“军人荣誉准则”。
北府军人荣誉准则就是以“勇气、责任和荣誉”三大法则为基础，完善细分制定出来地北府军人职业道德守则，并在日常工作生活中严格执行，培养出北府军人特有的气质。而书记官则是负责向北府军将士灌输这种思想。正是执行这种荣誉准则、书记官制度加上北府在军功上的极度重视，才会让北府军将士们充满了荣誉感。成为被桓温叹为“仅论士气。已是天下翘首”的雄师。
书记官除此职责外，还要督护军法军纪，纠察官（原军法官）是他的副职。统属军政司。纠察官负责维持所在部队的纪律。平常时有权对违纪事件进行处理，对违法事件进行诉讼。而战时则和书记官一起，行使对违纪违法事件的暂时处理权，战后再由军法庭进行正式裁决。
军令司负责枢密院所有命令文书地下派传达，而它派出的驻部队的军令官则负责保障军令正确顺利地执行。也就是他负责为所在部队的军事主官向上向下传达命令，并监督该命令的正确性。根据曾华改正的北府军制，军令官有权驳回他认为不正确的命令，但是后果极为严重，一旦事后被军法庭或者上一级认定是错误的，则要承担军法责任。而军事主官坚持认为自己命令正确地话，可以与书记官、掌旗官等军
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