三公九卿的中央官制为秦王政接受李斯建议所制，以皇帝为尊，下有三公，分别为太尉，管理军事；丞相，协助皇帝处理全国政事；御史大夫执掌群臣奏章，下达皇帝诏令，并理国家监察事务。
九卿对丞相负责，按其职能，行使权利。九卿其实并不止此数，但按韦昭所说的
“汉正卿九”，用秦时的官名分别为：奉常，掌管宗庙祭祀，和国家之礼；郎中令，负责皇帝禁卫；卫尉，负责皇宫守卫；太仆，负责皇帝车马；少府，负责皇帝财政；廷尉，负责司法；典客，负责外交和内部少数民族事务；治粟内史，负责粮食和财政；宗正，负责皇室事务。
三公九卿制度的基本结构从秦朝一直沿用到两晋，直至隋文帝创三省六部制。
从三省六部制的结构上来看，也无处不有着三公九卿制结构的影子。此后，一直到明代，明太祖朱元璋废掉中书省、尚书省及门下省，六部直接对皇帝负责，中国古代历史中的中央官制三级制度才算寿终正寝。
三公九卿这一制度沿用约达800年，并从结构上影响三省六部制，并左右中国古代中央官制约达700年。
可以说，三公九卿制，上承夏商周，下接隋唐宋元，在中国历史上留下了浓重的一笔。
三公九卿制度虽在结构上沿用了近700年，但在其间，官职的名称及权利和三公九卿制的部分结构却一直在变动之中。
并且，制度之外其他中央机构的出现也冲击了三公九卿制。汉景帝改了大量官名。
把
“奉常”改为
“太常”；
“卫尉”改为
“中大夫令”；
“廷尉”为
“大理”；
“典客”为
“大行令”；
“治粟内史”为
“太农令”，武帝时改为大司农。武帝时改
“大行令”为
“大鸿胪”，
“郎中令”改为
“光禄勋”。上述九卿更名大多没有影响到他们的职能，至于动机可能是语言变迁而寻求官名的准确。
无独有偶，三公的名称也有比较大的变化。汉武帝更
“太尉”为
“大司马”，汉成帝时更
“御史大夫”为
“大司空”，汉哀帝时
“丞相”更为
“大司徒”。以上更名在现在我们
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